Die ersten Spuren einer Besiedlung durch Menschen gehen bis auf die Keltenzeit 400 v. Chr. zurück. Es wird angenommen, dass Jungingen ab etwa 700 n. Chr. dauerhaft besiedelt wurde.
Der Ortsname wurde aus dem Personennamen "Jungo" abgeleitet.

1396 erwarb die Reichsstadt Ulm den Ort von dem verschuldeten Grafen von Helfenstein. Aus dem Jahr 1445 ist eine Dorfordnung aus Jungingen erhalten die älteste im ulmischen Gebiet, welche das Zusammenleben im Ort regelte. Zu dieser Zeit bestand die Ortsverwaltung aus dem Anwalt (Art Amtmann) und vier Gemeindepflegern, dem Entscheidungsgremium.

1601 wurde der Ulmer Rat auf die Ordnung aufmerksam und führte die Ulmer Dorfordnung ein. Heinrich Unseld war ab 1801 zunächst ulmischer Anwalt, dann Erster Bürgermeister in Jungingen. Nach dem Zweiten Weltkrieg stieg die Einwohnerzahl des evangelischen Jungingen durch hinzuziehende, überwiegend katholische Flüchtlinge um fast das Doppelte.
1964 wurde die katholische Kirche eingeweiht. Im Jahre 1971 erfolgte die freiwillige Eingemeindung nach Ulm